A Faculdade de Medicina de Teresópolis (FMT) foi a primeira unidade de ensino da Fundação Educacional Serra dos Órgãos (Feso) em 1970. A partir de então, a Feso expandiu a oferta de cursos de graduação, visando atender às demandas de formação da região e do Brasil, conforme na cronologia a seguir: Administração, Ciências Contábeis e Econômicas (1975); Enfermagem (1985); Tecnologia em Processamento de Dados (1994); Pedagogia (1998);  Odontologia, Direito, Medicina Veterinária (1999); Fisioterapia (2001); Ciência da Computação (2006); Farmácia (2008); Ciências Biológicas, Matemática, Engenharia de Produção e Engenharia Ambiental e Sanitária (2009); Engenharia Civil (2015); Nutrição (2017), Psicologia e Arquitetura e Urbanismo (2019), Biomedicina (2020), Educação Física (2023) e Análise e Desenvolvimento de Sistemas (2023).

De 1970 a 1994, os Cursos de Graduação funcionavam como Faculdades Isoladas. E até 2006 como Faculdades Unificadas, quando foi aprovada pelo MEC a mudança do status institucional para Centro Universitário (Unifeso – Centro Universitário Serra dos Órgãos), tendo seu último recredenciamento renovado em 2017, por meio da Portaria MEC nº. 1.286 de 05 de outubro de 2017.

Diante da necessidade de oferecer cenário prático de aprendizagem aos estudantes de Medicina, em 1972, a Feso firmou convênio de cessão do Hospital Municipal, transformando-se em Hospital das Clínicas de Teresópolis Costantino Ottaviano (Hctco), o qual oferta serviços de baixa, média e alta complexidade em diferentes especialidades e foi certificado como hospital de ensino em 2006. Além do Hctco, articulados com as demandas dos cursos ofertados, ao longo dos anos, foram implantados outros cenários práticos de aprendizagem próprios: Clínica Escola de Odontologia (2001); Clínica Escola de Veterinária e Núcleo de Prática Jurídica (2002); Clínica de Fisioterapia (2004) e Núcleo de Apoio Contábil e Fiscal (2021), Serviço de Psicologia Aplicada (2023), além de um conjunto de laboratórios especializados. 

O desenvolvimento sistemático de Cursos de Pós-Graduação remonta a 1994. Desde então, um portfólio diversificado de Cursos de Especialização é ofertado pelo Unifeso sob a coordenação da Direção de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão.

Em 2016, o Unifeso foi credenciado pelo MEC para oferta de cursos lato sensu na modalidade de educação a distância, tendo essa autorização se expandido para graduação em 2017, por meio da Portaria MEC nº. 918, de 15 de agosto de 2017. Foram, então, ofertados quatro cursos de pós-graduação a distância. No segundo semestre de 2022, o Unifeso recebeu visita do MEC para avaliação institucional da educação a distância, que foi recredenciada com conceito 5, ratificando o atendimento dos indicadores de qualidade para oferta dessa modalidade de ensino. No primeiro semestre de 2023 foram iniciados os primeiros Cursos de Graduação do Unifeso na modalidade à distância, a saber: Bacharelados em Farmácia, Educação Física, Administração e Ciências Contábeis, além do Superior em Tecnologia em Análise e Desenvolvimento de Sistemas.

No âmbito do planejamento institucional, o quinquênio 2018-2022 se encerrou com importantes avanços no âmbito da gestão do ensino e dos currículos, da incorporação da virtualidade nos processos de ensino-aprendizagem, da evolução qualitativa no planejamento acadêmico e seus instrumentos didático-pedagógicos e de gestão, além do desenvolvimento de processos e ferramentas de avaliação discente, docente e institucional capazes de gerar subsídios essenciais à gestão acadêmica do Unifeso. 

A partir de 2023, o Unifeso se move na direção dos objetivos e metas do Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI – 2023-2027), considerando os temas estratégicos de expansão geográfica e oferta de novos cursos, avaliação e regulação, gestão da permanência, gestão do corpo docente e experiência do estudante. As ações estratégicas e políticas institucionais, presentes no PDI, direcionam as práticas do Unifeso em alinhamento com a legislação educacional em vigor e com as diretrizes da mantenedora (Feso), com destaque para o crescimento institucional, a consolidação da qualidade e o fortalecimento da gestão de pessoas, com responsabilidade social e ambiental.